PES 2012 3D bevat een enorme hoeveelheid aan nieuwe elementen, zoals het volledig online spelen en geeft spelers exclusief toegang tot het naspelen van de UEFA Champions League en de Copa Libertadores toernooien. Het spel biedt met de volledige controle, over elke pas, de bal, het tackelen en het schieten van de speler. Dit kan met het Circle Pad in combinatie met de knoppen of met het nieuwe Touch Screen control syseem dat gebruikt wordt om met de Nintendo 3DS de voetballers te besturen.
PES 2012 bevat de populaire Master League optie en stelt gebruikers in staat een team van onbekende spelers samen te stellen en te ontwikkelen tot kampioensteam. De game biedt ook de meer persoonlijke Become a Legend optie, waar de speler van een gekozen voetballer de voortgang en zijn ontwikkeling kan volgen tot een speler van wereldklasse. Andere nieuwe toevoegingen zijn de nieuwe League en Cup competities, Free Training om belangrijke routines en bewegingen te trainen en een Edit Mode. PES 2012 3D beschikt over een sterk online element en speelt hiermee in op de vraag van de fans van de serie.
Spelers kunnen nu one-vs-one spelen met vrienden zowel draadloos als via de Nintento Wi-Fi Connectie. Daarnaast geeft KONAMI een nieuwe draai aan het StreetPass systeem voor data exchange. PES 2012 3D spelers kunnen hun Master League team info delen met anderen Nintendo 3DS-gebruikers door iemand uit te dagen het op te nemen tegen een CPU tegenstander waarbij hij moet spelen met een van zijn teams.
