Spelers van Pokemon Omega Ruby en Pokemon Alpha Sapphire kunnen hun eigen Secret Base maken. Een Secret Base is een gebied dat ze geheel naar eigen inzicht kunnen inrichten met doolhoven en vallen voor de bezoekers. Ze kunnen zelfs Pokemon-gevechtsregels opstellen, waardoor de Secret Base in hun eigen Pokemon Gym verandert.
Spelers kunnen via de StreetPass-functie van de Nintendo 3DS- en Nintendo 2DS-systemen hun Secret Base delen met Trainers overal ter wereld. Daarnaast kunnen ze een unieke QR-code voor hun Secret Base aanmaken, zodat vrienden hem gemakkelijk kunnen bezoeken. Wanneer spelers een Secret Base bezoeken, kunnen ze andere Trainers ontmoeten en hen als Secret Pals (Geheime Vrienden) naar hun eigen Secret Base uitnodigen. Spelers kunnen omgaan en vechten met Secret Pals met speciale vaardigheden die spelers tijdens hun avonturen kunnen helpen, zoals het delen van nieuwe Decorations (Versieringen), het sneller uit laten komen van een Pokemon Egg (Pokemon-Ei) of het opwaarderen van een bepaalde Pokémon naar het volgende level. Hoe meer Secret Pals een speler in zijn Secret Base heeft, des te specialer zijn de vaardigheden die hem tijdens zijn avonturen kunnen helpen.
Spelers kunnen tijdens het bezoek aan de Secret Base van een andere speler ook vlaggen bemachtigen. In elke Secret Base bevinden zich vlaggen naast de Secret PC. Hoe meer vlaggen een speler verzamelt, des te hoger wordt zijn ranking. Dit levert beloningen op zoals een verbetering van de vaardigheden van zijn Secret Pals.
