Het is het jaar 2013. De leiders van de landen van het Noord- Amerikaanse continent zijn in Mexico City bij elkaar gekomen voor het ondertekenen van de North American Joint Security Agreement. Ondertussen hebben Nicaragueense rebellen hardware van het Amerikaanse leger in handen gekregen. Zij proberen deze hardware te verkopen aan een Mexicaanse paramilitaire groep en zoals je kunt verwachten moet jij hier met de Ghost Recon groep een stokje voor steken. Helaas denkt de Mexicaanse generaal hier anders over. De Canadese president wordt vermoord en de Amerikaanse president is spoorloos. Nog een taak voor je team dus.
Vandaag heeft Ubisoft bekend gemaakt dat Ghost Recon: Advanced Warfighter voor de PC verplaatst is naar het 2e kwartaal van dit jaar. De Xbox en Xbox 360 zullen wel gewoon op de geplande datum gaan verschijnen (17 maart). De PS2 versie komt iets later, 31 maart namelijk.