Sam Fisher ontving aanvankelijk de Vijfde Vrijheid als het prototype voor een nieuw Splinter Cell programma. Toen de omvang van informatieve oorlogsvoering op ontploffen stond, had Third Echelon behoefte aan een agent die de nieuwste technologie kon combineren met ouderwetse methodes. Door de Vijfde Vrijheid oordeelkundig te gebruiken, was Fisher in staat de Verenigde Staten te verdedigen tegen biologische aanvallen, tegen cyber oorlogsvoering en tegen binnenlands terrorisme, alvorens te stoppen.
Nu ligt de inzet echter nog hoger. Terroristen hebben het Amerikaanse vasteland als doelwit gesteld en daardoor is niemand nergens meer veilig. Nu de President op niemand meer kan rekenen om deze nieuwe uitdaging aan te gaan en de Blacklist te stoppen, besluit Sam deze zware last – en de Vijfde Vrijheid – nogmaals op zijn schouders te nemen..
