Het tweede deel in de Prototype franchise zal significant meer structuur hebben, waarmee het spel meer lineair wordt. New York zal verdeeld zijn in 3 zones gekleurd in de carnavalskleurencombinatie, rood, geel en groen. De zones fixeren zich op het infectielevel van het gebied. Side-quests zullen nu meer in de main storyline passen, in plaats van dat het ongerelateerde missies zijn. De power stone is daarnaast verdwenen in dit deel. Daarvoor in de plaats zijn er ondergrondse gebieden waar je krachten kunt absorberen en upgrades kunt ontvangen. Het spel zal daarnaast perks gaan krijgen zoals in Call of Duty bijvoorbeeld. Tegenstanders en bolides kunnen verder ontleed worden zoals in Dead Space, waarmee dus het nodige bloed gepaard gaat.
