Het spel speelt zich af tijdens de Derde Kruistocht in de middeleeuwen. De speler kruipt in de huid van een lid van het sluipmoordenaargenootschap genaamd Hashashin, waarbij de speler Altaïr (Arabisch voor Adelaar) is. De speler is in staat te reizen door drie steden: Jeruzalem, Acre en Damascus. De steden worden bewoond door zeer veel mensen en de manier waarop de speler Altaïr door de menigte laat lopen heeft invloed op hoe de mensen op jou reageren. Voorbeeld: wanneer men door een menigte loopt, en je duwt iemand lichtelijk uit je weg heeft het niet zo’n groot effect. Maar als je iemand op de grond gooit en hem doodt is het mogelijk dat de menigte boos wordt, zich verenigt en je moet vluchten. Net zo gaat het bijvoorbeeld dat als je iemand aan de kant duwt, hij terug kan duwen. Als je op de muren en gebouwen gaat klimmen, zullen de inwoners van de stad er in een kring omheen gaan staan en gaan wijzen en dergelijke.
Een van de meest besproken kenmerken van het spel is de enorme vrijheid in de gehele spelwereld. Beïnvloed door het hele Parkour gebeuren, is het mogelijk om aan alles vast te houden dat meer dan 5 centimeter uitsteekt. Dit zorgt voor complete ontdekkingsreizen over de daken, op grotere schaal dan enig eerder spel. Het spel wordt ook een compleet Free Roaming, wat inhoudt dat je je vrij door de hele stad kan bewegen. Dit zorgt onder andere meteen voor een vergelijking met GTA, The Elder Scrolls IV: Oblivion en Shadow of the Colossus.
