In Red Alert 3 besluit de leider van de in verval geraakte Sovjet-Unie terug te reizen in de tijd, in een wanhopige poging de geschiedenis te veranderen en de glorie van de hamer en de sikkel te herstellen. Maar er gaat iets fout met de missie. Het resultaat is een alternatieve tijdslijn waarin technologische ontwikkelingen een ander pad hebben gevolgd. Een nieuwe supermacht is op het wereldtoneel verschenen en de Derde Wereldoorlog is in volle gang. Het Land van de Rijzende Zon heeft de macht gegrepen in het Oosten, waardoor er nu drie partijen tegenover elkaar staan in de Derde Wereldoorlog: de Sovjets, de Geallieerden en het Japanse Rijk. Hun legers beschikken over bizarre en wonderlijke wapens en technologieën, zoals Tesla Coils, zwaarbewapende War Blimps, teleportatie, gewapende beren, intelligente dolfijnen, drijvende vestingen, en transformatie-tanks.
