Elke game heeft een verhaal, al was dat bij Far Cry niet zo belangrijk als dat dat ditmaal wel eens zou kunnen zijn bij Crysis. Men heeft namelijk al wat zitten denken over de storyline. Eerst moest het afspelen in het jaar 2019, en later werd dat verandert in 2020. Nou, ehm, boeiend zou je zeggen. Blijkbaar wel, men wil het namelijk als een puzzel in elkaar laten vallen, en zich dus niet enkel fixeren op de graphics van de game. Het draait in ieder geval globaal genomen om het volgende: Er stort een kolossale asterode op de aarde neer. De Noord Koreanen weten het eiland waarop de asteroid neergestort is al snel te claimen door gebieden af te bakenen en onderzoeken te verrichten naar het verschijnsel. Amerika reageert echter, zoals vaker, en stuur een elite team van Delta Force Operators naar het eiland om een rapport voor het Pentagon te doen. Als de asterode plotseling open spleet blijkt dat er een 2 kilometer groot schip in verborgen zit. Het ruimteschip ontwikkelt enorme krachtvelden en een invasie van de aarde lijkt te kunnen beginnen als rare wezens onze aardbol weten te betreden.
Inmiddels is de game wederom langs de echte wereld gelegd en het lijkt regelmatig dan ook werkelijk op een fotocopy van de realiteit. Zie hier beneden maar eens. Uiteraard met de DirectX 10 mogelijkheden in gebruik kan dit enkel gerealiseerd worden.